Ägypten lag in unmittelbarer Nähe zu Judäa, und die Entfernung von Bethlehem zu den nächstgelegenen Grenzen betrug etwa 40 Stunden. Viele Juden lebten in Ägypten, das in der Antike oft als Zufluchtsort diente, auch für Könige. Die Geschenke der Weisen ermöglichten ihm die erforderlichen Mittel für die Reise. Das Vertrauen in Gott und in das Kind, dessen Leben gerettet werden sollte und das, wie sie in vielen Momenten gesehen hatten, in Gottes Augen von großem Wert war, gab ihnen den Mut, alle anderen Ängste zu überwinden. So begaben sich Josef, Maria und das Kind in der Nacht, wie es der Evangelist Matthäus berichtet, sofort auf den Weg nach Ägypten, wahrscheinlich noch in der gleichen Nacht, in der Josef den Traum hatte.
In Jerusalem war währenddessen alles in Bewegung, vom König bis zu den einfachsten Bürgern. Der König war angespannt und wartete ungeduldig auf Nachrichten von den Weisen bezüglich des Ausgangs ihrer Reise. Gleichzeitig waren auch andere Menschen in unterschiedlichem Maße mit ihren Erwartungen beschäftigt: einige fühlten Angst vor Herodes, andere waren voller Freude und vertrauten ruhig auf die Vorsehung Gottes, die nicht in der ersehnten Dunkelheit verborgen bleiben würde; wieder andere waren aus Neugier daran interessiert, das Ende dieser allgemeinen Unruhe zu beobachten. Doch keine der Erwartungen wurde erfüllt. Der König, der sich über jeden ärgerte, den er wohl als Rivalen oder zumindest als Bedrohung für sein eigenes Haus betrachtete, gab den Befehl, alle männlichen Säuglinge in Bethlehem und Umgebung zu töten, beginnend bei den Zweijährigen. Dieser Befehl wurde so rasch ausgeführt, dass die Eltern nicht einmal Zeit hatten, ihre Kinder vor der tyrannischen Vernichtung zu verstecken. Diejenigen, die zuvor von Jesus gehört hatten oder ihn selbst gesehen hatten, fragten sich nun schwer, ob dieser Jesus noch am Leben war oder nicht.
Die Überlieferung schildert die gesamte Zeit der Flucht Jesu nach Ägypten und seinen Aufenthalt dort als geprägt von Wundern. Eusebius und Athanasius berichten, dass der Eintritt Jesu in Ägypten mit dem Sturz der dortigen Götzen verbunden war und sehen darin die Erfüllung der Prophezeiung des Propheten Jesaja (Jesaja 19,1). Sozomen erzählt, dass ein großer Baum, der vor den Toren von Hermopolis stand und von den Heiden verehrt wurde, sich vor Jesus neigte, als er die Stadt betrat, und dass von diesem Tag an die Äste und der Stamm des Baumes Heilung für alle Arten von Krankheiten spendeten, bis zur Zeit Julians, der ihn fällen ließ.
Das Evangelium der Kindheit Jesu Christi berichtet unter anderem, dass: 1) In der ersten Stadt Ägyptens, in die Josef mit Maria und dem Kind gelangte, die Einwohner erschreckt waren und ihren Priester fragten, was geschehen sei: "Der unbekannte Gott, der der wahre Gott ist, ist gekommen", und dass der Sohn dieses Priesters, der von einem Geist besessen war, durch das unabsichtliche Berühren seiner Stirn mit einem der Schleier Jesu geheilt wurde. 2) Die heiligen Reisenden fürchteten, die Bewohner dieser Stadt könnten schwere Folgen erleiden, weil sie für den Sturz ihres Götzen verantwortlich gemacht wurden, und gerieten dann versehentlich in eine Räuberbande, die sich jedoch durch den Lärm, den Josef und Jesus verursachten, erschreckte. 3) In einer anderen Stadt heilte Maria eine von einem Dämon geplagte Frau. 4) In einer anderen Stadt wurde eine Braut, die von Zauberern ihrer Sprache beraubt worden war, durch die Nähe des Kindes geheilt. 5) In einer weiteren Stadt wurde eine Frau von einem bösen Geist befreit, der in Schlangenform in sie eingedrungen war, als das Kind sich ihr näherte; das heilige Wasser, mit dem die Frau Jesus dann wusch, heilte ein aussätziges Mädchen, das mit der heiligen Familie reiste. 6) In einer anderen Stadt erhielt der Sohn des Statthalters die Heilung. 7) In einer weiteren Stadt wurden einem Mann, der gerade verheiratet war, die Gründe genommen, die ihn daran hinderten, die Rechte der Ehe zu genießen. 8) In einer anderen Stadt wurde der Bruder von drei Schwestern, der durch den Neid einiger Leute in ein Maultier verwandelt worden war, zurückgegeben; bei ihm wurde das Kind aufgelegt, und er wurde ein Mann und heiratete dann das Mädchen, das ihm bei seiner Heilung half. 9) In der Wüste begegneten sie zwei Räubern, von denen einer so viel Respekt vor Jesus hatte, dass er dem anderen eine große Geldsumme gab, um Josef und seiner Familie nichts anhaben zu können; Maria bat den Herrn um Vergebung für ihn, und Jesus sagte, diese beiden Räuber würden an den Seiten seines Kreuzes hängen. 10) Eine Stadt der Götzen wurde in sandige Hügel verwandelt. 11) An einem Sykomore ließ Jesus eine Quelle entstehen, aus der Maria sein Hemd wusch, und aus dieser Wäsche entstand in diesem Land Balsam.
Abschließend berichtet die Geschichte der Reise Jesu, dass "Josef mit seiner Mutter und dem Kind nach Memphis kam; sie sahen hier den Pharao; sie verweilten drei Jahre in Ägypten; Jesus wirkte hier viele Wunder, die jedoch weder im Evangelium der Kindheit noch im Evangelium der Vollkommenheit aufgezeichnet sind". Dennoch sind einige Berichte über diese Zeit unzuverlässig, da sie nicht mit dem Zustand Jesu zu dieser Zeit übereinstimmen und viele Absurditäten enthalten. Wenn Jesus seine Wunderkräfte nicht verstecken wollte, warum floh er dann nach Ägypten? Mit derselben Kraft hätte er sich in Judäa verteidigen können. So wie er dort die heidnische Stadt zerschlug, hätte er auch hier seinen Feinden begegnen können. Daher bleibt die gesamte Zeit von Jesu Flucht nach Ägypten und seinem Aufenthalt dort für uns im Unklaren; ebenso wissen wir nicht genau, wie lange er dort verweilte.