Ägypten lag in unmittelbarer Nähe von Judäa, und die Strecke von Bethlehem zu den nächsten Grenzen betrug etwa 40 Stunden. Viele Juden lebten in Ägypten, einem Land, das in der Antike oft als Zufluchtsort diente, sogar für Könige. Die Geschenke der Heiligen Drei Könige ermöglichten ihnen die Mittel für diese Reise. Das Vertrauen in Gott und das Kind selbst, dessen Leben bewahrt werden sollte und welches in den Augen Gottes von großer Bedeutung war, überwog alle anderen Ängste und Besorgnisse. So machte sich Joseph sofort mit Maria und dem Kind in der Nacht auf den Weg nach Ägypten, wahrscheinlich in der gleichen Nacht, in der er den Traum hatte.
In Jerusalem hingegen war die gesamte Stadt in Aufruhr, vom König bis zum letzten Untertan: Der König war besonders ungeduldig und wartete stündlich auf Nachrichten von den Weisen über den Erfolg ihrer Reise. Zur gleichen Zeit waren auch andere mehr oder weniger mit ähnlichen Erwartungen beschäftigt: einige in Angst – wegen Herodes; einige mit Freude und stillem Vertrauen auf die göttliche Vorsehung, die man hoffte, würde sich nicht in der lang ersehnten Dunkelheit verbergen; andere – aus Neugier – um zu sehen, wie diese allgemeine Bewegung enden würde. Doch niemandes Erwartungen wurden erfüllt. Der König, der sich über einen Widersacher empörte, den er zuvor als rivalisierenden Thronanwärter betrachtete, befahl, alle männlichen Säuglinge in Bethlehem und Umgebung, die nicht älter als zwei Jahre waren, zu töten. Dieser Befehl wurde so schnell ausgeführt, dass die Eltern keine Möglichkeit hatten, ihre Kinder vor dem Zorn des Tyrannen zu schützen. Es war nun ungewiss, ob der Jesus, von dem sie gehört hatten und den sie selbst gesehen hatten, noch am Leben war oder nicht. Überliefert wird, dass die gesamte Zeit der Flucht Jesu nach Ägypten und seines Aufenthalts dort von Wundern geprägt war. Eusebius und Athanasius berichten, dass die Ankunft Jesu in Ägypten durch das Stürzen der dortigen Götzen gekennzeichnet war, was als Erfüllung der Worte des Propheten Jesaja (Jesaja 19,1) betrachtet wird. Sozomen erzählt, dass ein großer Baum vor den Toren der Stadt Hermopolis, der von den Heiden verehrt wurde, sich niederbeugte, als Jesus die Stadt betrat. Von diesem Zeitpunkt an wurden die Äste und die Rinde dieses Baumes zur Heilung vieler Krankheiten bis zur Zeit Julians, der befahl, ihn zu fällen, genutzt.
Das Evangelium der Kindheit Jesu Christi berichtet, dass in der ersten Stadt Ägyptens, die Joseph mit seinem Kind und seiner Mutter betrat, die Einwohner in Panik gerieten und ihren Priester um Rat fragten: "Der unbekannte Gott, der wahre Gott, ist hierher gekommen", und sich selbst niedergwarf; der Sohn dieses Priesters, von Geistern besessen, wurde geheilt, als er unwissentlich seinen Kopf mit einem der Schleier Jesu berührte, woraufhin die Geister in Form von Raben und Schlangen aus ihm herauskamen;; 2) Im Glauben, die heiligen Reisenden könnten vielleicht schlimme Folgen für die Stadtbewohner haben, da sie die Ursache für den Sturz ihres Götzen waren, gerieten sie unbeabsichtigt in eine Räuberbande, die sich jedoch durch das Geräusch, das Josef und Jesus begleiteten, selbst erschreckte; 3) in einer anderen Stadt heilte Maria eine von einem Dämon besessene Frau; 4) in einer weiteren Stadt erhielt eine Braut, die von Zauberern ihrer Zunge beraubt worden war, diese durch das feste Halten des Kindes zurück; 5) in einer anderen Stadt wurde eine Frau von einem bösen Geist befreit, der in Form einer Schlange in sie eingedrungen war, als das Kind sich ihr näherte; und das duftende Wasser, mit dem die Frau Jesus dann wusch, heilte ein aussätziges Mädchen, das mit der heiligen Familie reiste; 6) in einer anderen Stadt behandelte der Sohn des Statthalters seine Beschwerden; 7) in einer weiteren Stadt wurde ein Mann, der kürzlich geheiratet hatte, von den Gründen befreit, die ihm die Rechte der Ehe verwehrten; 8) in einer anderen Stadt wurde der Bruder von drei Schwestern, der durch Neid einiger Leute durch Zauberei in ein Maultier verwandelt worden war, zurückgegeben; das Kind wurde ihm nur aufgesetzt, und er wurde ein Mann, der dann das Mädchen heiratete, das seine Heilerin war; 9) in der Wüste begegneten sie zwei Räubern, von denen der eine so viel Achtung vor Jesus hatte, dass er dem anderen eine große Geldsumme gab, nur damit er Josef und seine Familie nicht berauben würde. Maria bat den Herrn um Vergebung für ihn, und Jesus sagte, dass diese beiden Räuber an den Seiten seines Kreuzes hängen würden; 10) eine Götzenstadt wurde in Sanddünen verwandelt; 11) an einem Sykomore ließ Jesus eine Quelle entstehen, in der Maria sein Hemd wusch, und aus dieser Wäsche entstand in diesem Land Balsam. Abschließend wird in der Geschichte von Jesu Reise vermerkt, dass "Joseph und seine Mutter mit dem Kind nach Memphis kamen; sie sahen hier den Pharao; sie waren drei Jahre in Ägypten; Jesus tat hier viele Wunder, die jedoch weder im Evangelium der Kindheit noch im Evangelium der Vollkommenen aufgezeichnet sind". Doch was hier berichtet wird, ist teils nicht zuverlässig, weil es nicht mit dem Zustand Jesu zu jener Zeit übereinstimmt; teils weil es viele Absurditäten enthält. Wenn Jesus seine Wunderkraft nicht verbergen wollte, warum floh er dann nach Ägypten? Mit der selben Macht hätte er sich in Judäa schützen können. So wie er dort die Götzenstadt zerstörte, hätte er auch hier gegen seine Feinde bestehen können. Somit bleibt uns die gesamte Zeit von Jesu Reise nach Ägypten und seines Aufenthaltes dort weitgehend unbekannt; zudem können wir nicht mit Sicherheit feststellen, wie lange er letztlich dort verweilte.