Doch es ist unwahrscheinlich, dass dies Johannes' eigene Frage war. Er, der in der Wüste den Auftrag Gottes hörte, den Menschen Buße zu predigen in Erwartung des Messias, und der seine Jünger auf Jesus hinwies, erkannte ihn als den Messias, da das ihm gezeichnete Zeichen (der herabsteigende und ruhende Geist) auf ihm offenbar wurde. Johannes hörte die Stimme des Vaters über Jesus und bezeugte später, dass er sich über die ansteigende Herrlichkeit Jesu freute (Joh 3,29) – dies geschah sicherlich nicht speziell, um die Jünger zu überzeugen. Hätte Johannes selbst gezweifelt, hätte er die Klärung seiner Unsicherheit nicht bei Jesus gesucht. Ansonsten hätte er Jesus fragen müssen: „Habe ich mich zu Recht als deinen Vorläufer bezeichnet, während ich dich als den ersten Messias erkannt habe?“ Die Worte „oder einen anderen?“ zeigen, dass die Jünger des Johannes nicht an dessen Glauben, sondern nur an Jesus zweifelten. Johannes, als sein Vorläufer, könnte ihren Überzeugungen entsprechend weiterhin als solcher gelten, wenn Jesus nicht der Messias war; der Messias könnte dennoch kommen. Eine solche Argumentation könnte Johannes jedoch nicht zugeschrieben werden. Hätte er an Jesus gezweifelt, hätte er auch an seiner Berufung und dem Titel als Vorläufer des Messias gezweifelt. Denn dies alles beruhte auf dem einen Zeugnis Gottes.
Eine andere Möglichkeit, seinen Zweifel zu deuten, wäre, dass Johanness Botschaft nicht durch Unglauben oder Glaubenszögern, sondern durch eine Ungeduld erklärt wird, das Reich des Messias zu sehen und von seinen eigenen Fesseln befreit zu werden. Allerdings ist es schwer zu glauben, dass Johannes solche Empfindungen hegte. Er selbst bezeichnete den Messias als das Lamm und wusste darum, dass er verleugnet werden sollte. Daher konnte man nicht annehmen, dass er die verbreitete Vorstellung einer äußeren Einweihung des Messiasreiches teilte, die auch das Schicksal seines eigenen Vorläufers hätte ändern sollen. Es war somit offensichtlich nicht die Frage, die Johannes stellte. Dennoch rief Johannes aus dem Gefängnis seine Jünger zu sich und sandte sie mit dieser Frage zu Jesus. Er hielt es für den besten Weg, um jegliche Missverständnisse über Jesus auszuräumen. Es ist sehr wahrscheinlich, dass diese Zweifel in ihnen von den Pharisäern gesät wurden, die sogar in Judäa versuchten, Johannes gegen Jesus aufzubringen, und in Galiläa absichtlich die Stimmen der Jünger des Johannes gegen die Jünger Jesu verwendeten, um ihnen mangelndes Fasten vorzuwerfen (worauf der Herr in seiner Rede hinwies, Mt 11,16-19).